Der wichtigste Kostenfaktor beim Girokonto Vergleich ist die monatliche Kontoführungsgebühr, die sich zwischen den verschiedenen Banken deutlich unterscheidet. Allerdings sollte man nicht nur auf deren Höhe achten, sondern auch prüfen, welche Leistungen darin enthalten sind. Manche Banken bieten beispielsweise Konten an, die zwar etwas mehr kosten, dafür aber Zusatzleistungen wie eine Handyversicherung oder vergünstigte Eintrittskarten enthalten. Dies rechnet sich auf lange Sicht aber nur, wenn man die Möglichkeiten des Kontos auch in Anspruch nimmt, ansonsten sollte man nach einem günstigeren Kontomodell Ausschau halten.
Kostenlose Girokonten sind in der Regel nur bei sogenannten Direktbanken zu haben, die keine eigenen Filialen unterhalten. Daher muss man hier alle Bankgeschäfte über das Internet oder Telefon abwickeln. Wer Wert auf eine persönliche Betreuung und Beratung legt, ist bei einer klassischen Filialbank besser aufgehoben, auch wenn dort Kosten für die Kontoführung anfallen. Im Gegenzug hat man einen Ansprechpartner in der Nähe und kann die Geldautomaten mit der EC-Karte kostenfrei nutzen. Bei Direktbanken ist dies teilweise ebenfalls möglich, allerdings nur bei bestimmten Geldinstituten, die oft am eigenen Wohnort nicht verfügbar sind.
Auch die Kreditkartengebühren sollten in den Girokonto Vergleich mit einbezogen werden. Bei manchen Banken ist die Jahresgebühr bereits in den Kontoführungsgebühren enthalten, bei anderen muss sie zusätzlich entrichtet werden. Für Paare ist auch interessant, ob eine vergünstigte oder kostenlose Partnerkarte angeboten wird. Außerdem sollte man die Zinsen und Rückzahlungsmodalitäten sowie die Kosten für die Bargeldabhebung im In- und Ausland berücksichtigen.